Furono gli stessi sacerdoti a mettere ordine nella mitologia egiziana e nella sua miriade di dei. Il risultato fu la creazione di varie Enneadi, cioè gruppi di nove dei e dee, in genere formanti famiglie. Il nove era un numero sacro e simbolico che poteva anche essere usato per designare 'tutti'gli dei, in quanto gli Egiziani usavano il numero tre per indicare il plurale, ed il nove era di conseguenza il plurale dei plurali. Perciò il termine 'nove'non va sempre preso alla lettera: l'Enneade di Tebe, ad esempio, comprende quindici dei. L'Enneade più importante era quella di Heliopolis, spesso chiamata la Grande Enneade, capeggiata da Atum, dio creatore e dio del sole. I suoi figli Shu e Tefnut generarono il dio della Terra, Geb, e la dea del Cielo, Nut, che a loro volta sono i genitori di Osiride, Iside, Nefti e Seth; a questi si aggiunge a volte Horo come decimo dio, come quinta generazione (figlio di Osiride e Iside), oppure come quinto figlio di Nut. Già nei Testi delle Piramidi dell'Antico Regno si parla dei cinque figli di Nut. Secoli dopo, Plutarco ci narra di come il dio-sole Helios (come i Greci chiamavano il dio-sole Ra) inflisse una maledizione alla dea Rea (il nome greco di Nut), proibendole di dare alla luce i suoi figli in uno qualsiasi dei 360 giorni dell'anno. Hermes (Thot in egiziano) aggiunse allora cinque giorni all'anno (i cinque giorni epagomeni del calendario egiziano), e in questi giorni Nut partorì i suoi cinque figli. Oltre alla Grande Enneade, vi era anche una Piccola Enneade, i cui dei variano a seconda delle epoche. La Piccola Enneade di Heliopolis comprendeva il figlio di Iside, Horo, e poi Anubi, Maat e Thot. Un'altra Piccola Enneade era composta dei Quattro Figli di Horo e dei figli di Khentekhtai.