In der Neunheit von Heliopolis ist Nephthys die Tochter von Geb und Nut und die Schwester von Osiris, Isis und Seth. In vielen Texten gilt sie als Gemahlin des letztgenannten. Eine Überlieferung nennt sie die Mutter des Anubis, dessen Vater Osiris ist. Andere Quellen berichten, daß Re der Vater ihres Kindes Anubis-Sopdu ist. Die Funktionen der Nephthys sind nicht ganz geklärt. Man weiß nicht viel über Kultzentren und Tempel, auch wenn einige wenige Namen von Priestern der Nephthys bekannt sind. Gewöhnlich wurde sie zusammen mit einer anderen Gottheit verehrt, beispielsweise mit Seth im Neuen Reich und Antaios in der Spätzeit. Abgesehen von dem Mangel an Material über einen eindeutigen eigenen Kult verrät auch der Name der Nephthys, der 'Hausherrin' bedeutet, nicht viel über ihre Funktion. Gewöhnlich erscheint sie als Begleiterin ihrer Schwester Isis, bleibt selbst aber ziemlich farblos. Möglicherweise verdankt sie ihre Existenz dem Bedürfnis der Ägypter nach Paaren, wie auch bei anderen Göttinnen zu sehen ist, etwa bei Tefnut und den Göttinnen der Achtheit von Hermupolis. Zusammen mit Isis erscheint Nephthys oft als trauernde Frau neben dem Verstorbenen, manchmal in menschlicher Gestalt, aber auch als Vogel. Die Göttinnen werden auch in der Herzwägungsszene des Totenbuches oft zusammen dargestellt. Sie diente auch als Beschützerin eines der vier Horuskinder, Hepi, dem die Lungen des Toten anvertraut waren. In der Spätzeit wurde Nephthys mit Anuket verbunden und zusammen mit ihr im Süden Ägyptens verehrt.