Kom Ombo (Nb(j)t) ligt op een klip in een bocht van de Nijl, aan de noordzijde van een vruchtbaar gebied. Het ligt op de grens van het Arabisch en Nubisch taalgebied, en is ook nu nog een belangrijke stopplaats op de woestijnroutes. Bijna alle monumenten dateren uit de Ptolemeïsche Periode, toen deze plaats dankzij verbeterde landbouwtechnieken belangrijk was geworden. Toch was er al eerder bouwactiviteit: zo zijn er twee blokken uit het Middenrijk gevonden en ontdekte Champollion een poort uit de 18e dynastie in de zuidelijke ommuring van de tempel, het belangrijkste monument in Kom Ombo. De vroegste koning die er genoemd wordt is Ptolemaeus VI Philometor, terwijl het grootste deel van de decoratie is voltooid onder Ptolemaeus XII Auletes. In de vroege Romeinse periode werd de voorhof gedecoreerd en een buitengang toegevoegd.
Het opvallende aan deze tempel is de dubbele structuur: dubbele poorten en dubbele axis tot aan het dubbele heiligdom binnenin. De temple is gewijd aan twee triaden: die van Sobek, Hathor en Chonsoe, en die van Haroëris (Horus de oudere), Tasenetnofret (de goede zuster) en Panebtaoej (de heer van de beide landen). De laatste twee namen duiden niet zo zeer een identiteit, als wel een functie aan, nl. die van het vrouwelijke en het kinderlijke element in een triade. Naast de dagelijkse (dubbele) cultus, waren er processies van de tempel naar de necropool, waar de 'dode goden' waren begraven: Re, Geb en Osiris, die alledrie als vorm van Sobek werden beschouwd. Uit de tempelreliëfs valt af te leiden dat de tempel een zeer complexe theologie kende met betrekking tot de relaties tussen de verschillende goden. Nabij de rivier is een geboortehuis of mammisi gebouwd, waarin in reliëf onder andere het ritueel van het 'papyrusschudden' is afgebeeld. Opmerkelijk is ook de verbinding tussen de 'kamer van de overstroming' en de 'ahet weret', de plaats van het heilig huwelijk tussen Sjoe en Tefnoet.