Kom Ombo (Nb(j)t) se encuentra sobre un risco en un meandro del Nilo, en la parte norte de una zona fértil; justo en el punto de encuentro entre las zonas de lengua árabe y nubia. También es un importante lugar de paso de las rutas del desierto. Casi todos los monumentos datan de la Época Ptolemaica, cuando la zona cobró importancia gracias a la mejora de las técnicas agrícolas. Sin embargo, con anterioridad a esta circunstancia ya hubo actividad constructora en la zona pues, por ejemplo, se han encontrado dos bloques que datan del Imperio Medio, y Champollion descubrió en el muro sur del recinto del templo, el monumento más importante de Kom Ombo, una puerta da la Dinastía XVIII. El rey más antiguo que se menciona es Ptolomeo VI Filométor, aunque la mayor parte de la decoración fue completada durante el reinado de Ptolomeo XII Auletes. El patio anterior fue decorado durante el Periodo romano, cuando se le añadió una entrada.
Lo más sorprendente de este templo es su estructura doble: tenía dos puertas y un doble eje que conducía a un doble santuario en el interior. El templo está dedicado a dos tríadas: la de Sobek, Hathor y Jonsu, y a la de Haroeris (Horus el Viejo), Tasenetnofret (la buena hermana) y Panebtauy (el señor de las dos tierras). Los dos últimos nombres se refieren más a la función que a la identidad, es decir, a los elementos femenino e infantil de la tríada. Además del (doble) culto diario, había procesiones desde el templo hasta la necrópolis donde los 'dioses muertos': Re, Gueb y Osiris, eran enterrados, siendo los tres considerados formas de Sobek. Los relieves del templo indican que el templo tenía una muy compleja teología, por lo menos en cuanto concernía a las relaciones entre los diferentes dioses. Cerca del río había una casa de nacimiento o mammisi, cuyos relieves representan, entre otras cosas, el ritual de 'sacudir los papiros'. La relación entre la 'habitación de la inundación' y el 'ahet ueret' donde tenía lugar el matrimonio entre Shu y Tefnut también es sorprendente.