Het Nationaal Archeologisch Museum te Madrid is in 1867 opgericht krachtens een decreet van koningin Isabel II. Aanvankelijk bestond de verzameling van het museum uit uiteenlopende voorwerpen, waaronder ook Egyptische, die tot dan in verschillende instituten bewaard waren.
Vanaf het einde van de negentiende eeuw en gedurende heel de twintigste eeuw is de Egyptische verzameling op verschillende manieren vergroot:
1. Door de verkoop en schenking door particulieren, die objecten die zij in Egypte verworven hadden aan de Staat aanboden; hierbij kunnen genoemd worden de verkopen door Eduardo Toda, Vicor Abargues of Tomas Asensi en de schenking in 1887 door de Egyptische regering van meerdere sarcofagen en shabtis van de 21e dynastie, afkomstig uit de Tweede Cachette van Deir el-Bahari. Onder deze objecten vinden we voorbeelden van de mummie van een dier, van een amulet, van een scarabee, van een shabti, van een masker, van gebruiksvoorwerpen enzovoort.
2. Door toedeling na archeologische opgravingen. In de eerste plaats hebben de Spanjaarden deelgenomen aan de operatie tot redding van de monumenten van Nubië tijdens de bouw van de Dam bij Assuan. Gedurende de periode 1960 - 1965 heeft de Spaanse Archeologische Expeditie meerdere reddingsoperaties verricht, vooral bij de plaatsen Argin, Abkanarti en Masmas. Sinds deze opgravingen bezit het Nationaal Archeologisch Museum een verzameling voorwerpen die afkomstig zijn uit alle perioden van de Nubische geschiedenis. Daarnaast heeft de Spaanse regering de vergunning verkregen voor opgravingen op het terrein van Herakleopolis Magna, en sinds 1966 voert het Nationaal Archeologisch Museum deze opgravingen uit. Tot aan 1980 heeft Spanje, ingevolge twee toedelingen na de opgravingen in deze stad, voorwerpen verkregen uit de Herakleopolietentijd en de Derde Tussentijd.
Tegenwoordig is het het Ministerie van Onderwijs en Cultuur dat zich bezighoudt met het verwerven van nieuwe voorwerpen voor de afdeling Egyptische Oudheden van het museum, via de Hoge Raad voor de Verwerving van Werken van Kunst.