أخضع قمبيز ملك الفرس مصر في عام 525 ق.م. ونصب فرعونا رسميا عليها. وقد حاول إخضاع كوش ولكنة فشل في ذلك, مثلما فشل في حملته على سيوة. ثم عاد إلى آسيا بعد ذلك بثلاثة أعوام ومات في الطريق. واستعاد خليفته دارا الأول عدداً من الإجراءات التي أحدثها قمبيز ولم تكن في صالح مصر ومعابدها. وكرس دارا الأول, حوالي عام 510ق.م معبد هيبس الذي بناه بالواحة الخارجة, لعبادة الرب آمون. وحاول أمراء مصريون وليبيون السيطرة على منف من الدلتا, عام 486ق.م, ولكن دون جدوى, إذ تمكن خليفته اكسركسيس الأول من سحق التمرد. وثارت مصر مرة أخرى في عهد اتكسركسيس, نجل اكسركسيس الأول, مما أفقد فارس سيطرتها على الدلتا, لبرهة, مع احتفاظها بسيطرتها على مصر العليا. ورغم نجاح اتكسركسيس في النهاية, إلا أن منطقة مريوط (حيث أقيمت الإسكندرية فيما بعد) بقيت تحت السيطرة الليبية. وفى عهد خليفته دارا الثاني واتكسركسيس الثاني, بقيت مصر في اضطرابات. وهذا ما أدى في النهاية إلى انتفاضة مصرية جديدة قادها أميرتايوس مؤسس الأسرة ال28. وكان المؤرخ الإغريقي هيرودوت قد زار مصر في عهد اتكسركسيس الأول.