Imhotep ist vor allem als Baumeister berühmt; er war ein Pionier auf dem Gebiet des Steinbaues und der Architekt der Stufenpyramide. Er ist eine der bekanntesten Gestalten des Alten Reiches, obwohl er kein hohes Staatsamt innehatte und kein Mitglied der königlichen Familie war.
Im Neuen Reich wurde Imhotep der Schutzherr der Schreiber und die Personifikation des 'Weisheits'-Konzeptes, wie es in den sogenannten 'Weisheitstexten' enthalten war. Er wurde sitzend und bartlos mit einer Kopfbedeckung wie die des Ptah und mit einem entrollten Papyrus auf den Knien dargestellt. Im Turiner Königspapyrus wird Imhotep bereits als 'Sohn des Ptah' bezeichnet, und diese Entwicklung gipfelte in einem göttlichen Status in der 26. Dynastie mit Tempel, Priestern und Kult. Der Kult des Imhotep war ursprünglich im Gebiet um Memphis verbreitet, und während der Ptolemäerzeit zog sein Tempel in der Nähe des Serapeums viele Pilger an. Während dieser Zeit wuchs seine Beliebtheit auch in anderen ägyptischen Kultzentren. Obwohl er vielerorts auf Tempelreliefs erscheint, scheint er im religiösen Leben keine Bedeutung gehabt zu haben. In Theben war dies anders - dort wurde er in vielen Bevölkerungsschichten verehrt. Er und Amenophis, Sohn des Hapu, mit dem er verbunden wurde, wurden als Götterpaar verehrt, und im Ptahtempel von Karnak wirkte er durch Orakel und Träume. In schwierigen Zeiten, bei Krankheit oder Kinderlosigkeit, übernahm er die Rolle eines Mittlers und Helfers.
Die von Besuchern in den Kultzentren hinterlassenen Inschriften und die Überreste von Hausaltären bezeugen die Popularität des Imhotep bei der Bevölkerung außerhalb der Tempel. Anders als in Memphis oder an anderen Orten überdeckte in Theben der göttliche Status des Imhotep seine geschichtliche Existenz völlig. Das Ende der pharaonischen Kultur bedeutete nicht das Ende der Beliebtheit des Imhotep. In hermetischen Texten späteren Datums ist er noch immer eine verehrte Gestalt, und in der arabischen Überlieferung wurde er bis tief in das 19. Jhdt. hinein als Heiliger verehrt.