Sous Psoussennès II (XXIème Dynastie), un souverain local héracléopolitain d'origine libyenne, Chechonq, s'arrangea pour acquérir une substantielle influence sur le gouvernement. Il devint par la suite le premier roi de la XXIIème Dynastie. Au cours de cette période, la résidence fut généralement la ville de Tanis dans le Delta, et parfois Memphis. Boubastis joua aussi un rôle important, parfois en tant que résidence, ou (comme on le pense aujourd'hui) en tant que lieu d'origine des rois de cette dynastie; de nombreuses constructions y furent entreprises à cette période. Les rois des XXIème et XXIIème Dynasties furent inhumés dans l'enceinte du temple de Tanis. Ces trois villes étaient directement contrôlées par les rois, tandis que les autres villes de Basse Égypte étaient gouvernées par des princes libyens, se partageant ainsi le contrôle sur l'Égypte. Chechonq nomma l'un de ses fils Grand Prêtre à Thèbes (ce qui lui conféra un certain pouvoir militaire) et maria son fils Osorkon à Hatchepsout, princesse royale de la XXIème Dynastie. Chechonq (appelé Chichak dans la Bible) entreprit une campagne militaire en Palestine pour conquérir Israël et la Judée. Les rapports de ses victoires sont gravés sur les murs du temple de Karnak. La période qui suivit fut politiquement chaotique. Divers personnages se succédèrent sur le trône, parmi lesquels le Grand Prêtre Harsiesis à Thèbes, Takélot II et Chechonq III. La charge de Grand Prêtre avait fréquemment changé de mains. Sous le successeur de Chechonq III, la maison royale fut scindée en deux, la véritable XXIIème Dynastie (régnant depuis Boubastis) et la XXIIIème Dynastie. Au début, les deux dynasties senblent avoir régnè ensemble sur l'Égypte, mais des conflits éclatèrent petit à petit et la XXIIème Dynastie finit par dominer seule Boubastis et Memphis. Finalement, Osorkon IV, dernier roi de la XXIIème Dynastie, fut banni par le prince libyen Tefnakht (XXIVème Dynastie).