Au début du siècle à La Haye existait le musée Scheurleer, où était exposée la collection privée de Monsieur C. W. Lunsingh Scheurleer. Dans les années 20, ce banquier acheta une grande partie de la collection Von Bissing. De plus, il soutint financièrement les fouilles de W. M. F. Petrie et acquit beaucoup d'objets provenant du partage des découvertes. Cependant, la banque Scheurleer eut des problèmes et fit faillite en 1932. Pour conserver la collection au Pays-Bas, la fondation Allard Pierson fut créée. La ville d'Amsterdam mit à sa disposition une école dans la Sarphatistreer et, en 1943, le musée Allard Pierson, le musée archéologique de l'Université d'Amsterdam, fut inauguré.
Au cours des années, ce musée étendit sa collection au moyen d'achats, de dons et de prêts permanents ; c'est le cas notamment des collections Van Leer et Boeke-Cadbury, ainsi que de la collection d'ouchebtis de Dobbor. Du fait du manque constant d'espace, l'Université d'Amsterdam acheta l'ancien bâtiment de la ' Banque des Pays-Bas ' pour y installer le musée. Le musée Allard Pierson ouvrit ses portes en 1976 dans ses nouveaux locaux.
Les points forts de la collection égyptienne sont les périodes prédynastique et thinite, la période amarnienne, la période gréco-romaine et la collection de tissus coptes.
A l'exception de la collection égyptienne, le musée Allard Pierson possède des objets provenant de Grèce, Rome, Etrurie, Crète-Mycène, Chypre et l'Asie Occidentale.